בסיס הבניין החדש נוצר על ידי חורבות הכנסייה הרומנסקית המאוחרת של סנט קולומבה, בעת ובעונה אחת מרכז הקהילה הגדולה ביותר של קלן מימי הביניים. בשנת 1945 הוא נהרס במהלך פשיטה אווירית כמעט עד היסוד, רק פסל הגיר של גבירתנו במזבח המקדש נותר על כנו, ובגינו מאוחר יותר בנה גוטפריד בוהם קפלה מיוחדת בשנת 1950. במקביל, הריסות הכנסייה הפכו למעין כיכר זיכרון. בתחילת שנות השבעים, על שטחה, גילו ארכיאולוגים שרידי מבנים מתקופות שונות של קיום קלן - רומית עתיקה, ימי הביניים המוקדמת, רומנסק וגותית.
אובייקט כזה של מורשת תרבותית והיסטורית כשלעצמו קשה לתפוס ולשמר בצורה יוצאת דופן, אך כאשר המוזיאון למיושבות קלן החליט לבנות במקומו - בתוך וסביב החורבות הקיימות - בניין חדש שיציג את אוסף נרחב של דתיים. אמנות מהעת העתיקה המאוחרת ועד ימינו אנו, המצב נעשה מורכב פי כמה. ההחלטה על הרחבת המוזיאון התקבלה עוד בשנת 1974, אך חורבות כנסיית סנט קולומבה נבחרו כמיקומה החדש רק בתחילת שנות ה -90. בשנת 1997 נערכה תחרות אדריכלות בה זכה הפרויקט של האדריכל השוויצרי המצטיין פיטר זומתור. חבר המושבעים ציין את המיומנות המדהימה בה הצליח זומת'ור לשלב שברי 2000 שנות היסטוריה אדריכלית של קלן (מיסודות הבניינים של הרומאים הקדומים ועד הקפלה "מדונה בהריסות" של בוהם בשנת 1950) לאנסמבל יחיד., שהוא יותר מסתם חלקיו.
השיקום והשימור של השרידים האדריכליים ארכו מספר שנים, ובניית מוזיאון קולומבוס עצמו החלה רק בשנת 2003.
הבניין מזכיר את הלטינית L בתכנית והוא פרוס בזווית הנכונה לרחוב. קירותיו, מרופדים בלבנים אפורות בהירות ורחבות עם שכבות עבות של טיט קלסר, אינם נראים כלל, הודות למרקם העדין של המשטח, כתוצאה מעבודה של בנייה. שרידי קירות הכנסייה מובנים בתוכם בגובה הקרקע ומעליהם קטעים שבורים של "ניקוב" וחלונות מלבניים גדולים, בניגוד למשקל המונומנטלי של הקיר בעובי 60 ס"מ. תוכנית הכנסייה כוללת חצר חצץ קטנה על אתר בית העלמין הישן של הקהילה. המבקר נכנס אליו בדרך מהלובי ל"אולם התצוגה "הראשי בקומה הראשונה. "אולם" זה הוא חדר ענק בגובה 12 מ ', שלאורכו מונח גשר זיגזג מעל יסודות מבנים עתיקים מימי הביניים שנמצאו כתוצאה מחפירות ארכיאולוגיות. Zumthor השתמש בתאורה מלאכותית במשורה מאוד כאן, כך שכמעט כל האור נכנס דרך רצועות של חורים קטנים בקירות החיצוניים של הבניין; מבפנים טכניקה זו מדגישה עוד יותר את שפלתם לכאורה של קירות אלה, שניתן לראות בהם רמיזה לעקרונות האדריכלות הקדושה הגותית או התייחסות ליצירות המיסטיקנים של אז. אוקטהדרון של קפלת בוהם רשום באותו חלל, אך עם זאת ניתן לגשת אליו מחוץ למוזיאון.
בסוף גשר מוביל את המבקר לחצרי הקודש, שהפך לחצר קטנה; יש פסל מאת ריצ'רד סרה "טבע ונחלץ".
מעל הדרג הראשון יש שתי קומות נוספות של אולמות תצוגה, בסך הכל שש עשרה. הם מעוצבים כבלוקים חופשיים - "בתים", שביניהם מונחים "רחובות" של טרצו לבן; כל אולם כזה שונה מאחרים בגודל, בשיטה ובעוצמת התאורה ובדרך הבדיקה. המוצגים מוצגים בהם מבלי להתבונן בכרונולוגיה וללא טקסטים ותוויות הסבר. לפיכך, רצו אוצרי המוזיאון להשיג תפיסה משוחדת של יצירות אמנות על ידי הקהל.
בפרויקט של מוזיאון הקיסון קלוזן נהג זומת'ור לאחד מונומנטים תרבותיים מתקופות שונות - שניהם אדריכליים, ממוקמים באתרם, ונכללים באוסף המוזיאון - שפה אדריכלית פורמלית לקונית מודגשת, שהתרככה מתשומת ליבו של האדריכל לפרטים הספציפיים. חומר, לתכונותיו המישושיות והוויזואליות; תפקיד מיוחד שם ממלא תאורה, שכמעט ואינה מספקת לבדיקה מלאה של המוצגים, אך מעניקה לתפיסתם חדות מיוחדת. כל זה הופך את העבודה הזו, לפחות כלפי חוץ, לדומה למבנים הדתיים מימי הביניים, לתקופת בניית הכנסייה ההרוסה של סנט קולומבה, שנתנה לו את שמה, כמו גם לזמן ההגמוניה של הקתוליות בשטח גרמניה, שעדיין לא ידעה את תהפוכות הרפורמציה. יחד עם זאת, השימוש בטכניקות של ארכיטקטורה מקודשת בבניית מוזיאון - אפילו מוזיאון לאמנות דתית - גורם לחשוב על שינוי עמוק במערכת העדיפויות של אדם מודרני, לא רק על השינוי של אידיאלים רוחניים לכיוון תמונה "חילונית" יותר של העולם, אך גם לגבי היבט "פופוליסטי" מסוים בכל תחום התרבות המודרנית. עם זאת, אין לשכוח כי אותה ארכיטקטורה של הקתדרלות מימי הביניים של המערב תוכננה לא לקומץ האליטה, אלא לכל המאמינים ללא יוצא מן הכלל; אולי זומת'ור ממשיך קו זה במוזיאון קולומבוס, ופונה לכל אחד מאיתנו באמצעות תכנון הבניין שלו.
