מתחם המוזיאון הוא תחנת כוח משוחזרת של תחילת המאה ה -20, מבנה לבנים עם עיטור טיח ניאו-קלאסי, אליו משובצות צורות הגבישים האופייניות לליבסקינד. מבחוץ הם קראו כמו כרכי נירוסטה כחולים מעוקבים ומאורכים הבולטים מקומות הבניין. הם בצורת שתי אותיות מהאלף-בית העברי - "כובע" ו"יוד ", שיוצרים יחד את המוטו של הפרויקט" חיים "של ליבסקינד, שמשמעותו" לחיים ". עם זאת, הם ניתנים לקריאה רק אם מסתכלים על הבניין מלמעלה, שאינו נגיש למבקר הממוצע במוזיאון.
בלובי המוזיאון, הקיר שמול הכניסה מרופד בקווי הקלה מודגשים היוצרים את המילה "פרדס", שמשמעותם "גן עדן", ומסמלת גם את ארבע רמות ההבנה של התורה. אך אלמנט זה של הפרויקט נתפס גם הוא בקושי עקב העיקולים החדים בחלל הלובי.
במרכז הראשי - הרובד הראשון של המתחם - ישנו גם אודיטוריום (שעל תקרתו מתוארת באופן מופשט מפת ארץ הקודש), מרכז חינוכי וגלריות. בקומה השנייה יש הנחות אדמיניסטרטיביות, כמו גם אולם תצוגה באותו שם שרשום בקוביה ענקית של האות "יוד", המואר דרך 36 חלונות מצולעים.
ליבסקינד עצמו מדגיש את ההבדל בין הבניין בסן פרנסיסקו לבין המוזיאונים היהודיים שלו בעולם הישן: לבניין בקליפורניה אין חותמת אסון השואה, שנמצא בהכרח בפרויקטים האירופיים שלו. עם זאת, שפת הארכיטקטורה של ליבסקינד נותרה זהה: הקווים החדים והשבורים שסימלו בעבר את הטרגדיה ההיסטורית אמורים לייצג כעת את "ביתני השמים" של פזורה יהודית משגשגת על חוף האוקיאנוס השקט.
