בניין קלאסי מאוחר, נבנה באמצע המאה ה -19. תלמידו של שינקל, פרידריך שטולר, נפגע קשות במהלך מלחמת העולם השנייה - הרבה יותר מכל בניין אחר של "אי המוזיאונים". לכן, הוא לא שוחזר בשנות החמישים, כמו הפרגמון או המוזיאונים העתיקים. אולם השחזור המקיף של כל אנסמבל המוזיאונים באי שפרינזל, שהוקם בשנות התשעים של המאה העשרים, נדרש לשקם גם את החורבה הזו. בתחרות לשנת 1997 על הפרויקט לשיקום אי המוזיאונים "(ובהרכבו - המוזיאון החדש), הזוכה היה הגרסה של דייוויד צ'יפרפילד והאדריכל-משקם ג'וליאן הרראפ, שהציעו לשחזר את כל מה שאפשר, אך נמנעים משחזור החלקים הלא-שמורים של בניין שטולר בצורתו המקורית.
עמדה זו מצאה את מתנגדיה בקרב פוליטיקאים, מדענים, לא אדישים לגורלה של עירם ברלין, שרצו לראות את המוזיאון החדש משוחזר בקפידה במלוא הדרו: עם כתובות הירוגליפות המשבחות את המלך הפרוסי על עותקי עמודי קרנק, עם אפריז הקלה "מות פומפיוס", עם הזהבה וציורי קיר. אך האדריכל הצליח לשכנע את מתנגדיו כי העתקה חסרת מחשבה של העבר לא תעשה דבר למען האי המוזיאונים המחודש ולברלין כולה. נהפוך הוא, היסטוריה אמיתית תוטמן מתחת לטיח החלק החדש וציורים ששוחזרו מקרטון מקורי, ששמירת עקבותיו היא מטרתו של כל מוזיאון.
בשנת 1999 הכריזה אונסק ו על אי המוזיאונים כאתר מורשת עולמית ופרויקט צ'יפרפילד תוכנן מחדש על מנת לעמוד בתקנות בינלאומיות מחמירות יותר; כמו כן, הקיצוניות שלו התרככה במהלך דיונים עם אנשי הציבור. עם זאת, האדריכל, שתמיד הודה כי הוא אוהב לעבוד בגרמניה, רואה בפעילות הגרמנים (בניגוד לאדישים יותר, לדעתו, הבריטים) גורם חיובי המשמש לשיפור פרויקט הגמר.
במהלך העבודה על תוכנית השחזור, היה צריך לקבל החלטה ספציפית כמעט לכל אחד מהמתחמים: אף כי חללי הפנים נפגעו מהפצצה, האש שנגרמה על ידם ובעשרות השנים האחרונות של חשיפה לגשם ולרוח, הינה משמעותית חלק שוחזר. עם זאת, חלקים מסוימים בבניין כמעט נהרסו במלחמה ובהמשך נהרסו כדי למנוע הרס נוסף, ולכן האגף הצפוני-מערבי והאולם הכיפה מדרום-מזרח נבנו מחדש - בצורות לקוניות אופייניות של צ'יפרפילד עם הד של הקלאסיקות. כמו כן, הלובי המרכזי ושתי החצרות - היווניות והמצריות לשעבר - קיבלו עיצוב חדש לחלוטין. אך גם מה ששרד, הוחלט לא להתחדש בשום צורה שהיא: מטרת האדריכל והמשקמים הייתה להראות בבירור למבקר מה נותר מבניית שטילר, ומה הייתה התוספת של המאה ה -21. גישה זו נראית בבירור בחזית הראשית המנומרת, בה משולבים חיפוי אבן אותנטי וטיח לבנים חדש. אותו טיח מכסה את חזית האגף הצפון-מערבי, שנבנה על פי הפרויקט המודרני: הוא חוזר על הקצב והפרופורציות של הביטויים של החלק ההיסטורי של הבניין, אך לא מנסה להעתיק אותו.
הפרוזדור הראשי איבד את ציורי הקיר שלו, וגרם מדרגות מפואר מונומנטלי עשוי בטון מכוסה בשבבי שיש לבנים ממוקם בחלל קירות הלבנים שלו, וקורות התקרות הפתוחים דומים לתקרות הבזיליקות הנוצריות הקדומות. החלקים היחידים ששרדו בעיצובו המקורי הם העמודים היוניים, עותקים של עמודי Erechtheion. הם נותרים כמעט ללא פגע - עם עקבות אש ותופעות של אסונות טבע - ונראים כמו תערוכות באוסף המוזיאון, שנפגעו על ידי הזמן, אבל זה הופך אותם ליותר יקר.עיקרון דומה נצמד בכל מקום, ולכן נראה שהציורים הלא מאוד מוצלחים של המאה ה -19 "ליד פומפיי" או "א לה רומני" הם יצירות אמיתיות של העת העתיקה או ימי הביניים, שאינם מקלקלים הפסדים משמעותיים.
באותו סגנון כמו הלובי הראשי, החצרות היווניות והמצריות (זו האחרונה כוללת גם "מרפסת אמנות" שתתאים לאקספוזיציה) וחללי הפנים של האגף החדש. בסתיו הבא יתפוס הבניין את המוזיאון המצרי (שאוסף כולל את החזה המפורסם של המלכה נפרטיטי וממצאים אחרים מחפירות באמרנה), אוסף של פפיריות והמוזיאון להיסטוריה של החברה הפרימיטיבית.
הפיכתו של הבניין, המשקפת את ההיסטוריה של גרמניה במאתיים השנים האחרונות, לאנדרטה אותנטית של שתי תקופות, בעוד שיש לה מעלות אסתטיות ללא עוררין, היא הישג גדול לא רק עבור מחבר הפרויקט, אלא עבור החברה הגרמנית כחברה כֹּל. העובדה שלא פקידי תרבות ולא פקידי עירייה הלכו בדרך הקלה של חזרה חסרת מחשבה - או זיוף - של צורות שאבדו זה מכבר ואיבדו את משמעותן המקורית - מעידה על אומץ לבם וחדות הראייה שלהם. במאה ה -19, כאשר הוקם אנסמבל אי המוזיאונים, הוא היה אמור להפוך לאקרופוליס חדש, מקדש תרבות שאין כמוהו ביופיו והדרו. פרוסיה מונחה על ידי עתיד קיסרי ובנתה את ברלין על פי שאיפותיה. המאה וחצי שלאחר מכן השתנו הרבה - או כמעט הכל - והזהבה והשיש הסדוק של המוזיאון החדש, המזכיר את שנת האפס, הם יקרי ערך אף יותר מהמוזיאון העתיק השמור היטב או מהגלריה הלאומית העתיקה ששופצה בקפידה. ומוזיאון בוד. לאחר שעבר את מבחן הזמן, בניית האימפריה הגרמנית רכשה את האצולה שקשורה בדרך כלל לבנייני אימפריה אחרת - הרומית. יחד עם זאת, לפרויקט של צ'יפרפילד אין קסם רומנטי מהריסות או רצון לשמר את "צלקות המלחמה", אם כי תומכי השחזור המדויק התיעודי האשימו אותו בכך. מבנה זה הוא מעין יצירה מהז'אנר ההיסטורי, אך לא ברוח אקדמית, אלא במובן מודרני ומעורפל יותר; הוא נכנס לדיאלוג חי עם ההיסטוריה, שאליו נמשך המבקר במוזיאון, הוא לא מאפשר לשכוח את העבר, לא מאפשר להפנות אליו את הגב - אך מעצם קיומו הוא פותח את הדרך לעתיד.
