פרויקט הפיתוח מחדש היה בחסות הספרדים קרוז אי אורטיז, התערוכה תוכננה על ידי ז'אן מישל וילמוט, והשחזור בוצע על ידי ואן הוגבסט אדריכלים. משימתם של האדריכלים הייתה להתאים את המבנה המגושם במיינסטרים של האקלקטיות, שנבנה בשנת 1885 על ידי פטרוס (פייר) קויפרס, לצרכי מוזיאון של המאה ה -21. חללי פנים שופעים הסיחו את תשומת הלב מהתערוכות, לא היה מספיק מקום לשתי התערוכות ולתכנית הנלווית, אי אפשר היה לארגן את תערוכת הקבע על פי מערכת אחת וכו '.
כעת כל המוצגים מהמאה ה -12 עד המאה ה -20 מסודרים בסדר כרונולוגי קפדני, לפי קומות מלמטה למעלה, והכרונולוגיה נתמכת על ידי ערכת צבעים: הצבע על הקירות מתבהר בהדרגה כשהוא נע למעלה, ומגיע כמעט לבן באולמות האמנות המודרנית. במקביל, כל העבודות סודרו בדרך חדשה, למעט החשובים ביותר - "משמר לילה" מאת רמברנדט, שחזר למקומו הקודם ב"גלריית הכבוד ", שם יצירות הזהב עידן האמנות ההולנדית מוצג.
האדריכלים, על פי התוכנית שהוקמה כבר בבניית מוזיאונים, חסמו שתי חצרות של הבניין בגגות זכוכית, והעמיקו אותם גם למפלס הקומה -1, לאחר שהסירו בעבר את הרחבות המאוחרות שכבשו אותם. אחר כך הציבו אודיטוריום מתחת לחצר אחת, וחנות מוזיאונים ובית קפה מתחת לשנייה. החצרות עצמן הפכו למרחבים ציבוריים רחבי ידיים אליהם ניתן להגיע גם בלי לקנות כרטיס. קירותיהם יוצרים חזיתות החצר של המוזיאון, והמשטחים החדשים פונים באבן בהירה. אנטוניו קרוז ואנטוניו אורטיז לקחו בחשבון את הטעות של נורמן פוסטר, שבחצרו של המוזיאון הבריטי כל צליל נשמע בבירור ואפילו מהדהד, כך שברייקסמוזיאום רעשים מושתקים על ידי רשתות לבנות עם חומר סופג רעש התלוי מהתקרות..
אך הבעיה העיקרית של האדריכלים הייתה איחוד שתי החצרות לשלמות אחת. בבניין ההיסטורי מסדרון הולכי רגל ורוכב אופניים במרכז החזית, המאפשר מעבר מהיר דרך הבניין. פרויקט השחזור צפה בהפיכתו לכניסה הראשית למוזיאון, המאחד את שתי החצרות, אך תושבי העיר מרדו, וכעת המסדרון נשמר בצורתו המקורית, ניתן לגשת למוזיאון דרך ארבע כניסות קטנות, והונח מעבר תת קרקעי מתחתיו, מחבר את החצרות זה עם זה.
המוזיאון נסגר לשחזור בשנת 2003 והוא עתיד להיפתח כבר בשנת 2008. תקופת העבודה של 10 השנים מוסברת בכך שהיה צריך לעשות מאמצים טיטניים לבנות מפלסים תת קרקעיים באדמה המלאה במים של אמסטרדם, לא היה קבלן לפרויקט כה מורכב. מהנדסי ארקדיס הפכו את החלקים התת-קרקעיים החדשים של המבנה ללא תלות במבנה ההיסטורי, שכן הוא שוכך אט אט. לכן, מסדרון הקרקע ו"גלריית הכבוד "הממוקמת מעל המעבר התת קרקעי בין החצרות הפכו כעת ל"גשר" התלוי מעליו. בורות החפירה התמלאו מיד במים, ולכן הם נשפכו בבטון מיוחד לעבודה תת-מימית, והתהליך נשלט על ידי צוללנים.
תקציב הפרויקט היה 375 מיליון יורו, אך הוא כולל גם הקמת ביתן נפרד של אמנות אסייתית, שהוצבה במרכז הבריכה, התאמת הפארק לגן פסלים על ידי פרויקט Copijn Landschapsarchitecten (14,500 מ ר)., בניית בניין כניסה לשירותים, שחזור בית הספר לציור ההיסטורי (Teekenschool) כמרכז חינוכי למוזיאון, וכן הקמת מבנה סדנאות מוזיאונים ליד רייקסמוזיאום, התמזגו עם בניין קויפרס אחר - המכון לשעבר בטיחות ובריאות בעבודה.
אך השיפוץ של המוזיאון טרם הסתיים: הוא נותר פתוח למשך השיחזור
אגף פיליפס יוסב כעת לחלל תצוגה זמני מודרני. מחברי הפרויקט הם גם Cruz y Ortiz.
