הבניין ממוקם למרגלות הסלע עליו שוכנת האקרופוליס. בשל המוזרויות של האתר, הוא מכוון לאורך הציר המזרחי-מערבי, אך תופס את כל הקומה העליונה והשלישית שלו, גלריית פרתנון נפרסת בחדות ביחס לנפח המרכזי של הבניין ופונה צפונה. זה לא רק איפשר לפתור חלקית את בעיית התחממות היתר באקלים חם, אלא גם חיבר חזותית את האולם עם הפסלים שבעבר קישטו את חזיתות המקדש הגדול, עם הפרתנון עצמו, שנמצא פחות מ -300 מטרים מהמוזיאון. האפקט הדינמי של פתרון זה ממלא את הבניין באנרגיה; בזה אפשר לראות משמעות סמלית מסוימת: נראה שהיא פונה לאקרופוליס, לעבר, שמתאים למסר הפוליטי שהכניסה ממשלת יוון לבניין החדש: בואו נחזיר את השעון ונחזיר את האנדרטה המדינה המקורית (או לפחות להפגיש את כל חלקיה המאוחסנים כעת בלונדון, פריז, פלרמו, רומא).
רטוריקה כזו יכולה הייתה להשפיע על הפרויקט האדריכלי: גם לאחר ניצחון גרסתו של צ'ומי בתחרות בשנת 2001, היו רבים מהתומכים בעיצוב הניאו-קלאסי של בניין המוזיאון ביוון. עם זאת, נפח הזכוכית, הבטון והשיש המאוד דיסקרטי מספק תפאורה הרבה יותר דיסקרטית לאוסף פסלים מהתקופה הארכאית ועד התקופה הרומית מאשר מבנה "היסטורי" כלשהו.
בשל העובדה שנמצאו שרידי רבע עיר מתקופות קדומות מתחת לבניין, הוחלט להעלותו מעל פני הקרקע על 100 תומכי בטון עם "צירים", אשר אמורים להמתיט את הרטט במקרה של רעידת אדמה אפשרית; במבט ראשון הם מסודרים באופן אקראי, אך במציאות - כדי לא לפגוע בממצאים הארכיאולוגיים. את יסודות הבתים העתיקים ניתן לראות דרך הפתחים והאזורים המזוגגים בקומת קומת הקרקע של המוזיאון, שם נמצאים אולם הפרוזדור ואולמות התערוכות הזמניות. משם עולה המבקר לקומה השנייה, שם מוצגות כל המוצגים, למעט פסלי הפרתנון, ויש גם מרפסת פתוחה עם בית קפה. הקומה השלישית עם "גלריית פרתנון" היא חלל מזוגג מלבני, שבמרכזו יש נפח בטון, החוזר על גודל תא המקדש. האפריז המפורסם עם תהלוכת הפנאתנה שוחזר עליו מחלקים ומלהקות מקוריות.
האווירה הרצינית של "מקדש האמנות" במוזיאון תימשך למרות מספר המבקרים העצום הצפוי: הרעש ייספג בחורים העגולים הרבים שנעשו בקירות הבטון. בנוסף להיעדר תפאורה, מספר השלטים והתוויות צומצם למינימום הנדרש: שום דבר לא צריך להסיח את הדעת מהתערוכות. מסלול מחושב היטב יקל על בדיקת האוסף: מהחפירות הארכיאולוגיות מתחת לבניין לפסל הארכאי בקומה השנייה, אחר כך לגלריה פרתנון בשלישית, ואז למטה ליצירותיהם של ההלניסטים תקופות רומיות.
