הפרויקט החל כבר בשנת 2001: בשנת 1999 הועברה השליטה בתעלת פנמה מארצות הברית לשלטונות פנמה ובמקביל עלתה השאלה לגבי השימוש החדש בשטחים הסמוכים. אחד המקטעים - שכבשו בעבר בסיס האוויר האמריקני - הוקצה למוזיאון. הבנייה החלה בשנת 2006, אך רק בתחילת אוקטובר זה ביומוזיאו נפתח לקהל - אם כי עדיין לא מלא: כמה אולמות ואקווריום לא יהיו מוכנים עד חורף 2016.
עם גג האלומיניום הצבעוני שלו, המוזיאון צריך להזכיר את הטבע התוסס של פנמה, את גגות המתכת של בקתות מקומיות ואת המבנים ההיסטוריים של תשתית התעלה. ממוקם על חצי אי צר הבולט למפרץ, הבניין נראה מרחוק והוא יכול להציע למבקריו תצפיות פנורמיות על העיר ועל "פיה" של תעלת פנמה.
משך הקמת המוזיאון, שכונה על ידי התושבים המקומיים "המוזיאון שלעולם לא יושלם", מוסבר בין היתר בכישוריהם הנמוכים של בוני המקום. את הבטון הגס של הרצפות והקירות היה צריך למזוג מחדש פעמים רבות, והגג עם סובלנות של 6 מ"מ הציג גם הרבה קשיים.
עם זאת, כעת המוזיאון לא רק נבנה בהצלחה, אלא כמעט מלא בתערוכה "גשר החיים" שתוכנן על ידי ברוס מאו. מוסד סמיתסוניאן בוושינגטון היה אחראי על הצד המדעי של הפרויקט, וביומוזיאו הפך למוזיאון השותף היחיד שלו מחוץ לארצות הברית.
המוזיאון מוקדש למגוון הטבעי המדהים של האסתמוס של פנמה: עם שטח של 75,000 קמ"ר, הוא מאכלס יותר מינים של ציפורים, יונקים, זוחלים וצמחים מאשר בארצות הברית ובקנדה ביחד. בנוסף, האקספוזיציה מספרת בפירוט על תהליך היווצרות האיסמוס, שהחל לפני 12 מיליון שנה והסתיים לפני 3 מיליון שנה. הופעתו שינתה מערכות אקולוגיות ואקלים בקנה מידה פלנטרי: במקום אוקיינוס אחד, נוצר אטלנטי ופסיפי שונה לחלוטין, זרם המפרץ "התחיל" מהים הקריבי המתהווה, וצפון ודרום אמריקה התאחדו לראשונה מזה 70 מיליון. שנים. הגירה פעילה של בעלי חיים החלה לאורך האיוסמוס, ולפני יחסית, לפני 15,000 שנה, עברו האנשים הראשונים בדרך זו מצפון לדרום.
Biomuseo, שעלותו 95 מיליון דולר (ללא חישוב העלויות של אולמות התצוגה שעדיין לא הסתיימו), מיועדת בעיקר לתלמידי בית הספר (מתוכנן להביא לשם 40,000 סטודנטים בשנה לטיולים בחינם) ולתיירים, מכיוון שמסוף ספינות השייט הוא מאוד קרוב. באופן אידיאלי, הרשויות מצפות ל"אפקט בילבאו "מהמוזיאון. על פי התוכנית שלהם, זה אמור להפוך לאותו סמל של עיר פנמה ומדינת פנמה, שהפך בית האופרה של אוצון לסידני ולאוסטרליה.
